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PMDの最新版、pmd-bin-5.0-alphaを落としてきて、
それに付随するCPDを使ったところ、エラーした。
フェーマット出力で XML出力ができない。HTMLやTEXTならばできる。

cpdツꀀ –minimum-tokens 10 –files “C:\hogehoge\src” –language c –format xml
Error DOMSource cannot be processed: check that saxon9-dom.jar is on the classpath java.lang.IllegalStateException: net.sf.saxon.trans.XPathException: DOMSource cannot be processed: check that saxon9-dom.jar is on the classpath at net.sourceforge.pmd.cpd.XMLRenderer.render(XMLRenderer.java:95) at net.sourceforge.pmd.cpd.CPD.main(CPD.java:223) Caused by: net.sf.saxon.trans.XPathException: DOMSource cannot be processed: check that saxon9-dom.jar is on the classpath at net.sf.saxon.event.Sender.send(Sender.java:251) at net.sf.saxon.IdentityTransformer.transform(IdentityTransformer.java:30) at net.sourceforge.pmd.cpd.XMLRenderer.render(XMLRenderer.java:92) … 1 more

JAVAすら知らないが、saxon9-dom.jarがないよといっているみたい。
よくわからないが、ネットから別の saxon9-dom.jarをダウンロードしてきて、
pmd-bin-5.0-alpha\lib\配下にsaxon9-dom.jarをおいたらXML出力できた。

http://www.java2s.com/Code/Jar/s/Downloadsaxon9domjar.htm